沈昌祥院士从事计算机信息系统、密码工程、信息安全体系结构、系统软件安全（安全操作系统、安全数据库等）、网络安全等方面的研究工作。先后完成了重大科研项目二十多项，取得了一系列重要成果，曾获国家科技进步一等奖2项、二等奖3项、三等奖3项，军队科技进步奖十多项。这些成果在信息处理和安全技术上有重大创造性，多项达到世界先进水平，在全国全军广泛应用，取得十分显著效益，使我国信息安全保密方面取得突破性进展。

被授予“海军模范科技工作者”荣誉称号，评为国家有突出贡献中青年专家，曾当选为七届全国人大代表，1996年获军队首届专业技术重大贡献奖。1995年5月当选为中国工程院院士。2002年荣获国家第四届"光华工程科技奖"

现任国家三网融合专家组成员，国家集成电路产业发展咨询委员会委员，中央网信办专家咨询委员会顾问，国家保密战略专家咨询委员会主任委员，国家信息安全等级保护专家委员会主任委员，国家密码管理委员会办公室顾问，公安部特聘专家，“金盾工程”首席顾问。曾任首届教育部信息安全类教学指导委员会主任，也是清华大学、北京大学、国防科技大学、浙江大学、上海交通大学等多所著名高校博士生导师。

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